2018-19 2. Lig Beyaz grupta yer alan Eyüpspor Ferruh Özgün ile başladığı sezonda 9. haftanın ardından Ekrem Al yönetiminde ligde mücadele etti. 34 maçta 12 galibiyet, 10 beraberlik ve 12 mağlubiyet aldı. 46 puan toplayarak grubunu 9. tamamladı. Sezon sonrası gerçekleşen genel kurulda Eyüpspor'un yeni başkanı Murat Özkaya oldu.
2020-21 sezonunda 2. Lig Kırmızı grupta sezonun bitimine 1 hafta kala Şampiyonluğunu ilan ederek 37 yıl aradan sonra 1. Lige yükseldi. 2023 yılından beri teknik direktörlük görevinde eski milli futbolcu Arda Turan yapmaktadır.
