Kazı çalışmaları, Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Arkeoloji Bölümü, Orta Çağ Anabilim Dalı'ndan Doç. Dr. Hatice Özyurt Özcan öncülüğünde yürütülüyor. Şu anda sahada 22 işçi ve 4 arkeologla çalışmalar aralıksız devam ediyor. 2019 yılında başlayan kazılarda, bugüne kadar üç kilise, bir vaftizhane, iki hamam, konutlar, kamu yapıları, ticaret merkezleri, liman yapıları ve anıtsal mezarlar ortaya çıkarıldı.Doç. Dr. Hatice Özyurt Özcan, yaptığı açıklamada, “Burası erken Hristiyanlık dönemine ait, geç antik çağ olarak adlandırılan bir yerleşim alanı. Sahil, tamamen erken Hristiyanlık dönemi yapılarıyla donatılmış durumda. Kentin daha erken dönemine, arkaik döneme kadar uzanan geçmişi ise Akropol alanında bulunuyor. Bu alanda 2019 yılında çalışmalara başlandı ve beş yıldır devam ediliyor. Bu süre zarfında birçok yapı açığa çıkarıldı. Çalışmalara başlandığında ilk beş yıllık bir program oluşturuldu. Programın amacı, sahili bütünüyle görünür hale getirmekti, çünkü yoğun bir bitki örtüsü vardı ve yapıların birçoğu toprak altındaydı, tanımlanamaz durumdaydı. 1800'lerde alana gelen seyyahlar burayı küçük bir balıkçı köyü olarak tanımlamışlardı, çünkü birçok yapı görünür değildi. Ancak 2019'dan önceki araştırmalardan, buranın önemli bir bazilikası ve kilisesi bulunduğu için bir piskoposluk merkezi olduğu biliniyordu. Anastapolis'in de piskoposluk listelerinde adı geçen kentlerden biri olduğu biliniyor. Bu sebeple, parselde yer alan alanda kazı çalışmalarına 2020 yılında başlandı. Geçen yıl kamulaştırılması tamamlandı ve şu anda tüm sahile neredeyse hakim durumda” ifadelerini kullandı.2024 yılı itibarıyla, özellikle kentin dini merkezi ve batı kesiminde yer alan ticaret yapıları üzerinde yoğunlaşan kazılar, antik kentin büyük bir kısmını gün yüzüne çıkarma hedefiyle ilerliyor. Geleceğe Miras Projesi kapsamında yapılan bu çalışmalar, aynı zamanda bölgedeki hamam mozaikleri ve vaftizhanede bulunan duvar resimlerinin konservasyonu ve korunmasını da kapsıyor.Kissebükü Antik Kenti, Karya bölgesindeki diğer Bizans yerleşimlerinden farklı olarak, doğrudan Bizans dönemine ait planlarla inşa edildiği biliniyor. Bu özelliği, kentin arkeolojik ve tarihi değerini daha da artırıyor. Akropol, nekropol, dini merkez, batı yerleşimi ve liman bölgesi gibi beş ana gruptan oluşan antik kent, geçmişin izlerini bugüne taşıyor.Doç. Dr. Hatice Özyurt Özcan, kentle ilgili detayları şu şekilde aktardı: “Çalışmalarda, kenti en iyi şekilde hem denizden hem de karayoluyla görünür kılacak yapıların açığa çıkarılması hedeflendi. Beş yıl süresince sahil kesimindeki neredeyse tüm yapıların çalışması tamamlandı. Kazıların devamında konservasyon çalışmaları yürütüldü, böylece bu yapılar daha sağlam bir şekilde sonraki nesillere bırakılabilecek. Buraya yıllardır gelen insanlar, bir sonraki sezon geldiklerinde gördüklerine inanamıyorlar; bu kadar çok kalıntının burada olduğuna şaşırıyorlar. Kentte üç kilise bulunuyor ve kent üç bölümden oluşuyor. Beş ayrı yerleşim alanı tespit edildi. Burası kentin batı kısmı. Yamaçlarda kule ve yamaç yerleşimi, alt kısımda ticari yapılar, hamam ve onunla bağlantılı kompleks yapılar, konut ve ticaretin bir arada kullanıldığı yapı grupları bulunuyor. Orta kısımda büyük bir dini merkez olan psikopomiyum ve bazilika ile birlikte bağlantılı yapılar yer alıyor. Doğuya doğru gittiğimizde ise liman kalıntıları, liman kilisesi ve konutlarla birlikte yamaçlardan yukarıya doğru çıkan birçok yapı kalıntısıyla karşılaşılıyor. Hem temizlik hem de kazılar sonrasında, aslında büyük çapta bir kent ortaya çıkarılmış oldu. Burası beşinci yüzyıldan yedinci yüzyıla kadar uzanan bir döneme ait. Beşinci yüzyılın ortalarından yedinci yüzyılın başlarına kadar, Arap akınlarıyla birlikte buradaki halkın kenti terk ettiği biliniyor. Bu durumu sikkeler, mimari ve plastik malzemeler ve diğer küçük buluntularla tarihlendirmek mümkün. Diğer taraftan, Helenistik ve Roma dönemi yerleşimi de Akropol'de bulunuyor. Akropol'ün eteklerinde yer alan iki nekropol alanında iki mezar yapısı açığa çıkarıldı. Bu mezarlarda küçük heykeller, altın küpeler ve hem Roma hem Bizans dönemine kadar uzanan oldukça karmaşık iki mezar yapısı ortaya çıkarıldı”.2023 yılında kamulaştırılan 8 dönümlük parselde yer alan vaftizhane ve kilisede başlatılan kazılar, büyük bir titizlikle sürdürülüyor. Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından kültürel miraslar arasına alınan bu alanda, kazı çalışmaları hız kesmeden devam ediyor. Kissebükü'nde yürütülen bu çalışmalar, bölgenin tarihi dokusunu koruyarak geleceğe miras bırakmayı amaçlıyor.Arkeoloji dünyasında büyük ilgi uyandıran bu keşifler, Kissebükü'nü sadece bir turistik nokta değil, aynı zamanda bilimsel çalışmalar için de vazgeçilmez bir merkez haline getiriyor.